上海华界与法租界接连发生两起命案，两名死者看似毫无关联，却疑似死于同一凶手。由于无法介入华界案件，老虎探长钟朗（吕良伟 饰）联合犯罪学专家康华生（徐亮 饰）、于胜男（李若斯 饰）及洪小雅（马灿灿 饰），决定从法租界死者——退休巡捕房捕头老薛头展开调查。通过遗孀的线索，他们发现老薛头生前正暗中追查一所多年前焚毁的东亚书院。这所1900年由日本人创办的孤儿院，在九一八事变期间悄然迁回日本，而这条线索竟触动了钟朗尘封的童年记忆。随着《火线追凶2之夺命书院》剧情推进，案件背后隐藏的帝国阴谋逐渐浮出水面。
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